海外漁業協力財団は、我が国漁船の海外漁場の確保及び我が国への水産物の安定供給の確保に貢献することを目的として、日本と水産分野で緊密な関係にある沿岸国・国際機関に対し、協力事業を実施しています。

財団の協力事業は、農林水産省の国際漁業振興協力事業費補助金を主な財源としており、事業の内容・対象国などは、水産庁が策定する公募要領（ 相手国からの要請や我が国漁船の入漁の状況などを勘定して策定される。）に基づく他、関係団体の意見も参考に決定しています。事業は、年初に策定する事業計画に従い当該年度中に完了します。

事業の実施地域は、太平洋地域とそれ以外（アジア、アフリカ、中・南米）に大別され、それぞれの地域において入漁国の特性とニーズに可能な限り合致した事業を実施しています。
太平洋地域は、我が国漁業者にとって非常に重要な漁場であり、年間24.7万トン（2018年）のかつお・まぐろ類を漁獲しています。この水域の漁場に依存する日本の漁業者は多く、関係沿岸国からの協力要請も多いことから、入漁協定を締結している9か国（キリバス、ソロモン諸島、ツバル、ナウル、パプアニューギニア、パラオ、フィジー、マーシャル、ミクロネシア）を対象として地域巡回機能回復等推進事業（FDAPIN※）を毎年実施しています。この他、研修生受入や専門家派遣も適宜実施しています。
一方、太平洋以外の地域においては、関係沿岸国の外国漁船に対する政策の変更や海賊の横行による入漁の阻害、漁場形成の変動に伴う重要国の移り変わりなどに対応するため、毎年最も優先度の高い数か国を選定して研修生の受入や専門家を派遣しての技術協力を実施しています。
財団は、これらの協力事業を効果的・効率的に実施するため下記の事業評価を行い、評価結果を協力事業の運営・管理の改善に活用するとともに、今後の事業の企画・立案に活かしています。